SJA1000控制段寄存器包括控制寄存器CR、命令寄存器CMR、状态寄存器SR、中断寄存器IR、接收代码寄存器ACR、接收屏蔽寄存器AMR、总线定时寄存器BTR0及BTRl、输出控制寄存器OCR、测试寄存器TR。控制寄存器用来控制中断、复位和同步方式。命令寄存器用来控制发送、终止发送、缓冲区释放、清除过载状态、睡眠、唤醒和接收方式。状态寄存器用于指示CAN控制器的当前工作状态，包括接收缓冲区状态、数据是否超载、发送缓冲区状态、发送是否结束、接收是否正在进行、发送是否正在进行、错误状态和总线是否关闭。中断寄存器用来指示各中断源状态，包括接收中断、发送中断、出错中断、超载中断和唤醒中断。接收代码寄存器存放用于接收帧识别的代码。接收屏蔽寄存器说明对应于接收代码的哪些位参与接收帧识别。总线定时寄存器用来设定总线通信速率。输出控制寄存器用来控制输出驱动器的输出方式。测试寄存器仅用于芯片内部测试。
    控制CAN总线时首先初始化各寄存器，以设定通信参数(如：模式、位速率、验收码、屏蔽码、字段长、总线定时、输出模式等)，BASIC CAN方式控制段共10个字节。发送数据时首先置位命令寄存器，然后将被发送的报文写入发送缓冲区，最后置位请求发送，由SJAl000完成发送。接收通过查询状态寄存器，读取接收缓冲区获得信息，然后释放接收缓冲器。