(1)复位FPGA

    上电复位：在用户模式下，当nCONFIG引脚持续低电平40μs时，FPGA将进入复位状态。复位时，FP—GA采样MSEL引脚的电平值，以确定采用的配置方式；同时，nSTATUS和CONF_DONE引脚由FPGA置为低电平，所有I／0引脚为三态且FPGA内部配置寄存器被清空。
    FPGA复位的2种方法：
    ①外加RC复位电路或者复位芯片，自动产生上电复位脉冲。
    ②参考芯片手册。如果芯片提供了上电复位脉冲(一般是全局复位信号)，则使用它作为复位信号；若没有提供，则查找芯片是否给出了寄存单元上电默认值(一般是O)，利用该特性复位或者产生复位脉冲。
    (2)配置FPGA
    复位后，nCONFIG被外部上拉电阻拉高，进入配置阶段。此时，nSTATUS被FPGA释放并由外部上拉电阻拉为高电平后进入配置状态。Cyclone芯片通过将nCSO输出的信号置低来使能串行配置芯片，nCS0引脚连接配置芯片的片选段(nCS)，用串行时钟(DCLK)和串行数据输出(ASDO)引脚来发送操作指令，及／或将地址信号读到串行配置芯片中。接着配置芯片将数据送到串行数据输出(DATA)引脚，DATA引脚连接Cyclone芯片的DATA0输入脚。配置数据在DCLK时钟的上升沿载入FPGA。当接收完所有的配置位后(CRC校验无误)，Cyclone芯片悬空CONF_DONE引脚，该引脚由外部10 kΩ电阻拉高；同时，停止驱动DCLK信号。只有当CONF_DONE到达一定的逻辑高电平后，初始化才开始。
    (3)初始化阶段
    在Cyclone芯片中，初始时钟源是Cyclone芯片的lOMHz(典型的)内部晶振，或者是可供选择的CLKUSR引脚。内部晶振是默认的初始化时钟源。如果用了内部时钟，则Cyclone芯片为正确的初始化提供足够的时钟。使用内部时钟的好处在于，初始化时不需要从外部发送其他的时钟到CLKUSR引脚，而且可以把CLKUSR引脚当作I／O引脚。
    (4)用户模式
    初始化结束后，FPGA进入用户模式。在用户模式下，用户I／O引脚不再有弱上拉电阻，而是执行设计中分配的功能。Cyclone芯片可以通过将nCONFIG拉低而开始重新配置。nCONFIG低信号应该至少持续40μs。当nCONFIG被拉低时，Cyclone芯片被复位并进入复位阶段。Cyclone芯片也会把nSTATUS和CONF_DONE拉低，所有的I／O引脚处于三态。一旦nCONFIG回到逻辑高电平，Cyclone芯片将释放nSTATUS，重新开始配置。
    (5)配置时出现的错误
    如果在配置时出现错误，则Cyclone芯片将nSTA—TUS信号置低来表明一个数据帧错误，CONF_DONE信号为低。如果在Quartus软件的Device&Pin Options窗口的General项中，选中Auto—restart configuration aftererror选项，则Cyclone芯片通过激活nCSO来实现复位，在复位失效时间(40μs)后释放nSTATUS，并再次尝试配置。如果该选项未被选中，则外部系统必须监视nSTA—TUS信号以防出错，然后将nCONFIG信号拉低并持续至少40μs来重新配置。
    计算机与目标板上的Nios程序建立连接，通过通信接口将Flash文件传输给FPGA；Nios程序判断出传输文件的针对目标后，将编程数据存放在EPCS或Flash中。接收到的数据首先暂存入SDRAM，而不是直接对EPCS和Flash进行操作。这样做的好处是，一旦传输失败或中止，不会破坏原有EPCS和Flash中的数据。
    通过sof2Flash命令来生成Flash文件时，可以通过SOPC Builder打开NioslI command shell，使用“sof2 Flash—epcs-input=<输入文件名．sof>一output=<输出文件名．Flash>”命令，生成的Flash文件存在于工程目录下。也可以将sof文件复制到“〈quartus安装目录〉＼kits＼nios2_60＼examples”下，直接打开NiosII command shell，使用“sof2Flash-epcs—input=<输入文件名．sof>一output=<输出文件名．Flash>”，生成的Flash文件存在于“〈quartus安装目录〉＼kits＼nios2_60＼examples”下。
3．2 软件程序的更新
    如前所述，软件程序既可以存放在Flash中，也可以存放在EPCS中。生成软件Flash文件的最简单的方式是，在NiosII IDE环境下对系统进行编译，生成的Flash文件存在于“<目标工程>＼software＼debug＼<软件工程>＼Debug＼obj＼”目录下。
    Nios程序可以存放在Flash中，在SDRAM或On—chip RAM(以下统称“RAM”)中运行。这种情况需要有一个专门的Bootloader，该文件存在于“ quartus安装目录>＼kits＼nios2_60＼components＼altera_nios2”目录下，名称为“boot_loader_cfi．srec”。它把存放在Flash中的各个程序段搬到程序执行时各个段真正的位置。
    如图4所示，Bootloader代码位于Flash的低地址处，NiosII就被逻辑中的复位电路复位，从reset地址处开始执行代码。如果reset地址设置在Flash中，那么复位后首先运行Flash前面的Bootloader代码，由Bootloader代码将后面的用户程序引导到指定位置。执行elf2Flash应用程序在elf文件前会插入一个引导复制(Boot—copier)程序，前提是，elf将被链接到RAM中运行。