运行于运行环境中的，是由组态环境组态出来的控制流程和业务逻辑。整个运行系统由任务（task）来组织。每个任务包括一个控制流程，由控制流程执行器执行。任务可以由事件或中断，定时时间间隔，系统出错或报警，以及上位机指令来调用。运行环境的特殊状态（例如：启动，关闭）都有相应的事件对应。每个任务有优先级设置，高优先的任务能够中断低级优先任务。同优先级的程序若时间间隔设置不同，可竞争强占CPU资源。在控制流程中，可以进行逻辑和数学运算，流程判断和执行，设备扫描和处理，控制算法的循环计算、以及网络通讯等操作。
 
    除了控制流程，运行环境中还包括以下一些系统服务。

通讯服务，实现MCGS系统之间以及与其他系统之间的数据交换。
存盘服务，实现采集数据的存储处理操作。
日志服务，实现系统运行日志记录功能。
调试服务，辅助实现开发过程中的调试功能。
    由于嵌入式组态软件交叉平台开发的特性，以及其特殊的实时性能和稳定性能要求，在整个开发过程中，调试工具起了一个非常重要的作用，可以说，调试工具的简便易用，功能强大是嵌入式组态软件被用户接受的核心因素之一。MCGS嵌入式组态软件提供了如下的调试功能。
 
    1）带有断点设置功能。可以选择任意任务中，在控制流程执行的任意位置停止。
    2）监控运行系统运行状态。通过串口或TCP/IP网络通讯，采集运行系统实时数据库各个数据对象的数值，并在上位机的调试环境中显示出来。
    3）在线修改。在线情况下，修改部分组态结果或参数，运行环境可以接受组态环境的命令，在任意时刻停止运行，重新下载组态结果或更新部分组态结果，重新开始运行。
    4）运行系统实时数据库数据对象数值的观测和强制改变，以方便系统的调试。
    5）仿真运行。允许在离线状态下（不连接嵌入式系统），测试控制逻辑。仿真状态下，允许如下操作：可设置断点；直观显示各个流程执行状态，各个变量当前数值；仿真I/O结果；输入通过直接点击对应的输入点的状态灯来实现，数字量输入允许直接改变模拟量，弹出电位器或数字输入界面，模拟量和计数计时的值允许由数字直接输出。
 
    同时，由于嵌入式组态软件按功能剪裁的特性，以及其内嵌的实时多任务操作系统，可以在保证整个嵌入系统小体积，低成本，高实时性，高可靠性的同时，方便不具备嵌入式软件开发经验的用户在极短的时间内，使用嵌入式组态软件快速开发完成一个嵌入式系统，并极大缩短嵌入式产品进入市场的速度。