DOS引导系统主要由DOS引导扇区和DOS系统文件组成。系统文件主要包括IO.SYS、MSDOS.SYS、COMMAND.COM，其中COMMAND.COM是DOS的外壳文件，可用其他的同类文件替换，但缺省状态下是Dos启动的必备文件。在Windows95携带的DOS系统中。MSDOSSYS是一个文本文件，是启动Windows必需的文件。但只启动DOS时可不用此文件。DOS引导出错时。从软盘或光盘引导系统后使用SYSC：命令传送系统。即可修复故障，包括引导扇区及系统文件都可自动修复到正常状态。